자연계에는 크게 나누어 소생과 붕괴의 양면이 존재한다. 이러한 자연계의 방향성을 좌우하는 것은 생명의 최소 단위인 미생물들이다. EM은 자연계에서 소생의 방향성을 이끄는 미생물들 중에서 광합성세균을 중심으로 유산균, 효모, 사상균, 바실러스, 방선균 등 유용한 미생물이 공생하고 있는 액상 상태이다.

이들은 각각의 대사과정에서 부패 환경을 발효 환경으로 전환하거나 또는 자체의 항산화 기능을 극대화시키는 환경을 조성하여(항산화물질의 생성) 생체 및 무기물의 산화를 예방 또는 방지하는 중요한 기능을 담당함으로써, 여러 환경에서의 부패 방지 및 악취 발생을 근본적으로 차단하여 인체 및 환경에 유용한 기능을 지속적으로 유지하도록 하는 고기능성 친환경 미생물제제이다.

EM을 부패가 진행 중이거나 부패가 예상되는 환경에 주기적으로 사용하여 유용 미생물의 정착과 항산화 물질 생성이 활성화되면 부패 환경이 발효 환경으로 전환되어 악취 발생이 없어지며 공생하고 있는 수많은 중간형 미생물들이 유용 미생물로 전환되는 환경이 시작된다. 일차적으로 유용 미생물의 환경이 정착되면 EM의 효과가 극대화된다. 즉, 미생물 환경이 안정화되면 유용 미생물을 소량만 투입하고도 안정된 효과를 유지할 수 있다.

미생물 생태계에서 유용성이란 SOD(Superoxide Dismutase, 항산화효소)활성물질을 생성하여 소생형의 생태계를 유지하는 것을 말하며 자연계에는 원래 쓸모없는 것이 없으므로 유용에 대한 정의를 내리기는 힘들다. 인간에게 유용성 여부를 하나의 척도로 보아도 미생물의 종류에 따라서는 때론 유용하다가도 때론 유용하지 않는 것도 존재하기 때문이다. 또한 미생물은 그 종류와 수가 천문학적이다. 따라서 그 전부를 파악 하는 것은 불가능하다. 이런 점에서 미생물에 대한 연구를 하면 할수록 미생물을 이해하기 어려워진다.

일반적으로 유용 미생물군에는 인류가 오래 전부터 식품의 발효 등에 이용해 왔던 미생물들을 대부분 포함하고 있다. 이러한 미생물들은 SOD활성을 가지거나 SOD물질을 생성하며 이를 통해 서로 공존하도록 한다. 유용 미생물 가운데 사상균, 효모균, 방선균, 유산균 등은 유기물을 분해하는 역할을 하고 광합성세균은 태양에너지를 이용하여 유기물의 분해시 발생하는 탄산가스, 질소 등을 섭취하여 당류, 아미노산, 비타민 등을 만들어 내는 매우 유용한 미생물이다. 또한 유용한 미생물은 발효과정에서 SOD물질, 유기산(유산), 미네랄 및 각종 효소(아밀라제, 리파아제, 단백질 분해효소 등)를 만들어 낸다. 따라서 유용한 미생물이 어떤 환경에 정착하면 SOD활성이 풍부하게 되어 산화된 조건에서만 활동하는 유해한 미생물은 자취를 감추게 될 뿐만 아니라 유용과 유해미생물의 중간에서 활동하는 수많은 중간형 미생물들이 유용 미생물과 연동하게 되어 유용선 미생물들의 활동과 효과가 증대 된다.